在二代火影千手扉间掌控木叶之初，便在木叶建立了暗杀战术特殊部队和木叶学堂，而后其他忍者村纷纷效仿。暗部的成员皆是从村子里筛选出的优秀的忍者，主要负责保护影和预防外敌入侵忍者村的工作，有时还会执行侦察敌情，暗杀以及看守重要嫌犯等任务，任务性质一般极其恶劣枯燥。暗部是由影直属，一切命令由影发布。因为任务的特殊性，暗部的成员执行任务时都是戴着模仿动物的白色面具，互相以代号称呼的，所执行的任务的资料均被机密保存。
根部，又称暗部培训部门。
初代火影和二代火影死后，猿飞日斩继任三代火影，同样想成为火影的团藏以暗部培训部的名义实为为了培养夺权势力建立了属于自己的独立组织根部。团藏深深继承了二代火影的冷酷的思想，他把根部的成员当做没有感情的杀戮工具。根部的环境远比暗部要残酷得多。成为正式成员的第一个考验便是要亲手杀死自己的感情羁绊，这其中有血脉相连的亲人，有生死之交的友人，还有青梅竹马感情甚笃的恋人团藏认为只有斩断了羁绊没有了感情，才能够全身心的投入到每一个任务中去，无论遇到什么情况都能保证以完成任务为最优先选择。
宇智波灭族事件之后，三代火影下令解除团藏的火影辅佐职务，并且解散根部这个组织，然而团藏怎么会乖乖听话，根部蛰伏起来一直在暗中活跃。
让根部的残余成员加入暗部后，真也用了半年的时间整合暗部。
虽然根部名义是暗部培训部门，表面上看两者执行的任务性质差不多，但是根部和暗部，当两者的成员站在一起的时候又有明显的本质区别。真也思索了一下，找到一个比较合适的形容词就像杀手和特种兵。
真也没有一开始就把根部的成员编入其他暗部小队，强制要求他们不抱团只会起反效果。真也也没有用嘴遁跟暗部的成员谈心要求他们接受根部的成员，毕竟太容易得到的东西人是不会珍惜的，只有通过自身不断的努力得到认可融入其中的方式才能令根部的成员对暗部有归属感。
初时根部的成员会感觉到自己和整个暗部格格不入。稍微重要点的任务与会离开村子的任务都轮不到他们，他们也没有被打散重新编入其他的暗部小队，偶尔迎面走来两名言谈甚欢的暗部擦肩而过时对方会不约而同的沉默下来。
这种无形之中被排斥在外的感觉没有人会喜欢，可是根部的成员不会不满不会抱怨，他们是经过严苛的训练的忍者，不是忍者学校里没有毕业的小学生，他们心中清楚团藏犯下的是怎样重大不可饶恕的罪过，按照根部的规矩他们甚至觉得自己被抹杀都在情理之中，现在还能站在这里继续为木叶效力保护自己的家园，已经是五代火影和那位暗部部长对他们的仁慈。
等根部的成员逐渐适应了在暗部的生活的时候，真也开始在自己带队执行的任务中编入一半根部的成员一半暗部的成员让他们彼此熟悉，有真也在，至少不会出现什么实力太强难以接近太残忍太冷血之类的智障言论，接着是这些少了对彼此的偏见的成员带队慢慢接触可以离开村子的任务。
三个月后，在外修行了两年半的鸣人终于归来。
鸣人正感慨着村子的变化。
鸣人走的时候纲手才继任五代火影不久，两年半没见，五代火影的火影岩像已经刻好了。
第一个见到鸣人的故人是小樱。小樱本以为外表变得更高更强壮的鸣人内在多少应该成熟了，可是不到两分钟鸣人便暴露本性，惹怒了小樱，被一拳砸进地里，还在街上引起骚乱。
刚结束任务准备去火影大楼递交任务报告的月见山切海和立花由里佳两人